Do podstawowych zadań Sekretariatu należy:

1. prowadzenie i ewidencjonowanie korespondencji, przesyłanie jej do załatwienia właściwym osobom lub jednostkom zgodnie z dekretacją oraz dbałość o jej terminowe załatwienie,
2. przygotowanie korespondencji do podpisu,
3. prowadzenie terminarza spraw, zebrań, spotkań i narad,
4. przygotowanie oraz obsługa spotkań, narad i zebrań organizowanych przez Kanclerza i jego Zastępców,
5. składanie zamówień w zakresie zaopatrzenia w materiały i sprzęt biurowy, obsługa spraw finansowych Sekretariatu,
6. wykonywanie prac związanych z obowiązkami Pełnomocnika ds. Budżetu pionu Kanclerza,
7. dbałość o właściwe stosowanie pieczęci i stempli,
8. prowadzenie rejestru skarg i wniosków wpływających do przełożonych oraz dbałość o terminowe ich załatwienie,
9. prowadzenie rejestru kontroli zewnętrznych,
10. prowadzenie ewidencji umów o korzystanie z samochodów prywatnych do celów służbowych,
11. prowadzenie ewidencji umów o korzystanie z telefonów komórkowych do celów służbowych,
12. wykonywanie innych czynności zlecanych przez Kanclerza i jego Zastępców.